Le fort Saint-Jean doit son nom à la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem établie sur cet éperon, prolongement de la butte Saint-Laurent, vers la fin du XIIe siècle. Il est situé à Marseille dans le quartier de l'Hôtel de ville. À cet emplacement, des vestiges de la toute première occupation grecque au VIe siècle av. J.-C. ont été découverts.
Au milieu du XVe siècle, la puissante tour carrée est construite par le roi René pour garder la passe du port. La tour ronde du fanal est construite en 1664. La construction du fort, exigée par Louis XIV, est réalisée de 1668 à 1671 par le chevalier de Clerville après expropriation des Hospitaliers et de nombreuses maisons. Sur instruction de Vauban, le creusement en 1679 d’un large fossé l'isole totalement de la ville.
Pendant la Révolution française, le fort sert de prison pour Philippe Égalité et à deux de ses fils. Des Jacobins arrêtés à Marseille et à Aubagne seront enfermés dans le fort et massacrés le 5 juin 1795 par des royalistes. Pendant la Seconde Guerre mondiale, les troupes allemandes y entreposent un dépôt de munitions dont l'explosion à la libération de Marseille provoque la destruction de nombreux bâtiments anciens.
Le fort Saint-Jean a été classé monument historique par arrêté du 16 juin 1964.
Après avoir abrité le Département des recherches archéologiques subaquatiques et sous-marines (DRASSM), le fort Saint-Jean accueille depuis 2013 le musée des Civilisations de l'Europe et de la Méditerranée (MuCEM).
Le fort Saint-Jean a disposé jusqu'en 1944 d'une échelle de marée en marbre dont la cote 0,329 m a servi de point zéro au nivellement général de la France et donc à toutes les altitudes données en France. L'échelle de marée a été détruite par le dynamitage et l'effondrement du fameux pont transbordeur. En 2020, le zéro de nivellement est à 1,661 m sous le repère fondamental situé dans le local du marégraphe de Marseille qui est exactement au même niveau que la cote 0,329 m du fort Saint-Jean. Voir Fort Saint-Jean sur Wikipédia.